全球领先的咖啡研究中心，如印度新德里的JawaharlalNehru大学生命科学学院的研究表明，不含咖啡因的咖啡以及纯咖啡具有抗遗传毒性作用的化合物。而速溶咖啡是一种具有抗氧化剂作用的常见的多酚类饮料，能够增强细胞对抗遗传毒性的作用。咖啡中含有抗氧化剂已被许多研究中心所证实，例如瑞士洛桑的Nestle研究中心发现，一杯速溶咖啡的抗氧化剂活性是咖啡中最高的。抗氧化剂可能是咖啡具有抗癌功效的原因，当然，咖啡中的其他化合物可能也具有抗癌作用。
北卡罗来纳三角研究园区国家环境卫生科学学院的研究人员提出了关于咖啡醇和咖啡豆醇的最重要的观点。咖啡醇和咖啡豆醇是仅存在于咖啡中的天然的双萜类物质，显示出了抗癌的特性。二者都以非皂化的脂类分子形式存在，它们在咖啡中的含量受冲泡方法的影响。二者在煮制的咖啡中，例如斯堪的纳维亚咖啡和土耳其咖啡，浓度最高。而速溶型、滴灌过滤和已过滤的咖啡冲泡时则含量极低。
煮制咖啡对胆固醇升高的作用与这些二萜类物质有关。研究显示咖啡醇和咖啡豆醇的摄取可引起胆固醇总量、低密度脂蛋白（LDL）胆固醇、甘油三酯和丙氨酸转氨酶（ALT）活动增加。纸滤咖啡不会增加胆固醇，因为脂含量（包括双萜类化合物）少。
试验发现，咖啡豆中的绿原酸对诱导的变性隐窝灶（ACF）及大肠癌的发展具有可逆作用。众所周知，存在于咖啡豆和大米中的阿魏酸可阻止ACF的形成和肠道癌变。咖啡和大米这两种食品或许有助于预防患大肠癌。经常适量饮用咖啡是最简单有效的抗癌方法之一。
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